Cykl azotowy to najważniejszy proces biologiczny w akwarium i jednocześnie ten, którego nieznajomość zabija najwięcej ryb początkujących akwarystów. Zrozumienie go to klucz do sukcesu. W skrócie chodzi o to, że ryby i resztki pokarmu wydzielają amoniak, który jest dla zwierząt silnie toksyczny już w niewielkich stężeniach. W dojrzałym akwarium amoniak natychmiast przerabiany jest przez bakterie z rodzaju Nitrosomonas na azotyny, które również są trujące, a te z kolei przez bakterie Nitrobacter na azotany, znacznie mniej szkodliwe i usuwane podmianami wody oraz pobierane przez rośliny. Problem polega na tym, że w świeżo założonym akwarium tych pożytecznych bakterii jeszcze nie ma. Muszą się dopiero namnożyć, a to trwa zwykle od trzech do sześciu tygodni. Wpuszczenie ryb do nieprzygotowanego zbiornika kończy się tak zwanym syndromem nowego akwarium, czyli śmiertelnym zatruciem amoniakiem i azotynami, gdy ich stężenie rośnie, a nie ma jeszcze bakterii, by je rozłożyć. Prawidłowe dojrzewanie zbiornika przeprowadza się bez ryb. Po napełnieniu i uruchomieniu filtra dodaje się źródło amoniaku, którym może być szczypta pokarmu, kawałek surowej krewetki lub czysty amoniak w kroplach. To pożywka dla startujących kolonii bakterii. Następnie codziennie lub co kilka dni mierzy się parametry testami kropelkowymi. Najpierw rośnie poziom amoniaku, potem zaczyna spadać, a w jego miejsce pojawiają się azotyny. Gdy i one wzrosną, a następnie spadną do zera, pojawiają się azotany. Moment, w którym amoniak i azotyny wynoszą zero, a azotany są obecne, oznacza dojrzały, gotowy do zarybienia filtr. Proces można znacznie przyspieszyć, dodając materiał filtracyjny lub trochę podłoża z działającego, zdrowego akwarium, co od razu wprowadza gotowe kolonie bakterii. Pomocne są też preparaty z żywymi bakteriami nitryfikacyjnymi, choć nie zastąpią one cierpliwości i pomiarów. Cierpliwość na tym etapie to inwestycja, która zwróci się brakiem masowych śnięć ryb w przyszłości.
Źródło: ogólna wiedza akwarystyczna, cykl azotowy